Numele de Cluj provine, cel mai probabil, din latinescul Castrum Clus, folosit pentru întâia oara în secolul al XII-lea pentru a desemna cetatea orasului medieval din acest loc. Toponimul Clus are semnificatia de „închis” în latina si se refera la dealurile care înconjoara orasul.

 De-a lungul timpului, orasul a primit si alte denumiri in limba maghiara si germana:  Kolozsvár, respectiv, Klausenburg. Aceasta din urma, Klausenburg, reprezinta numele uneia dintre cele sapte cetati medievale sasesti ale Transilvaniei din secolele trecute.  Primul nume românesc al orasului a fost Clus, scris uneori si Klus.

Denumirea de Cluj s-a încetatenit mai ales dupa ce orasul a devenit parte a Regatului României în 1918. Prin decretul Consiliului de Stat nr. 194 din 16 octombrie 1974, semnat de Nicolae Ceausescu si publicat în Buletinul Oficial al RSR din 18 octombrie 1974, municipiului Cluj i-a fost atribuit numele Cluj-Napoca. Tot  Nicolae Ceausescu a acordat totodata ordinul „Steaua Republicii Socialiste România”, clasa I municipiului Cluj-Napoca, „dând o înalta apreciere contributiei aduse de cetatenii municipiului Cluj de-a lungul veacurilor la lupta întregului popor pentru libertate si progres social si la înfaptuirea politicii partidului si statului de faurire a societatii socialiste multilateral dezvoltate în patria noastra.” Cele doua decrete nu au fost abrogate pâna în prezent.